Dinas Lingkungan Hidup Kota Pontianak pada awalnya merupakan bagian dari Sekretariat Pemerintah Kota Pontianak, yaitu berbentuk Bagian Lingkungan Hidup pada tahun 1998. Kepala Bagian Lingkungan Hidup saat itu dijabat oleh Syarif Saleh Alqadri kemudian Anwar Akir.
2. Kantor Lingkungan Hidup
Seiring dinamika organisasi, maka pada tahun 2003 Bagian Lingkungan Hidup berubah menjadi Kantor Lingkungan hidup dengan harapan fungsi dan manfaatnya lebih baik dari sebelumnya. Kepala Kantor Lingkungan Hidup yang pertama dijabat oleh Yakabil Natsir, ST dari tahun 2003 sampai tahun 2005. Pada tahun 2006 Kantor Lingkungan Hidup Pindah ke komplek kantor terpadu di Jalan Alianyang yang terdiri dari Kantor Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informasi, Kantor Arsip Dan Perpustakaan Daerah dan Kantor Dinas Perindustrian Perdagangan dan Koperasi Kota Pontianak. Kepemimpinan kemudian dilanjutkan oleh Ade Halida S.Sos dari tahun 2005 sampai tahun 2008.
3. Badan Lingkungan Hidup
Badan Lingkungan Hidup Kota Pontianak yang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pontianak Nomor 11 Tahun 2008 Tentang Pembentukan Organisasi Perangkat Daerah Kota Pontianak yang mempunyai fungsi dan tugas pokok melakukan Pengendalian Dampak Lingkungan yang dipimpin oleh seorang Kepada yang berada dibawah dan bertanggungjawab langsung kepada Kepala Daerah dengan mengacu pada Pengaturan Walikota Pontianak Nomor 46 Tahun 2008 Tentang Susunan Organisasi, Fungsi dan Tata Kerja Badan Lingkungan Hidup Kota Pontianak.
Dalam penjabaran lebih lanjut mengenai petunjuk pelaksana, uraian tugas jabatan pada Badan Lingkungan Hidup Kota Pontianak telah dikeluarkan Keputusan Walikota Pontianak Nomor 46 tahun 2008 dengan didukung sumber daya yang memadai peran Stategis Badan lingkungan Hidup Kota Pontianak yang berupaya mewujudkan kota Pontianak sebagai satu kesatuan fisik yang diharapkan dapat memberikan nilai kepada masyarakat sebagai suatu tempat/lokasi untuk dapat meningkatkan produktifitas, kreatifitas kenyamanan, keamanan, ketentraman hubungan sosial budaya serta meningkatkan derajat kesehatan, membawa konsekuensi dan tanggungjawab sebagai pihak, baik itu pemerintah kota, masyarakat serta dunia usaha untuk mengelola lingkungan yang berorientasi pada pencegahan timbulnya dampak negatif, pencegahan kerusakan lingkungan, kegiatan penunjang untuk mendukung kelancaran pelakasanaan pengendalian dampak lingkungan.
4. Dinas Lingkungan Hidup
Ditetapkannya Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Daerah Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah,maka telah dibentuk Dinas Lingkungan Hidup Kota Pontianak; merupakan langkah awal bergabungnya 2 (dua) instansi Pemerintahan di bawah Pemerintah Kota Pontianak, yaitu Dinas Kebersihan dan Pertamanan dan Badan Lingkungan Hidup. Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2009 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah (RPJM) Kota Pontianak Tahun 2015-2019, maka harus menindaklanjutinya dengan menyusun Rencana Jangka Menengah untuk periode yang sama mulai tahun 2017-2019 sebagai Rencana Strategis (RENSTRA) dalam pelaksanaan tugas pokok dan fungsi dalam kurun waktu tersebut.
Dinas Lingkungan Hidup Kota Pontianak sementara waktu menempati 2 (dua) unit bangunan kantor, kantor pertama berada di lokasi Jl.Alianyang Kota Pontianak Nomor 7B, adalah merupakan kantor Badan Lingkungan Hidup saat lalu, dan kantor kedua berada di Jalan Alianyang Nomor 121, yang dulu adalah Puskesmas Alianyang, serta Workshop sarana dan prasarana di Jalan Kebangkitan Nasional Dalam I No. 1 Kelurahan Siantan Hilir Kecamatan Pontianak Utara, yang merupakan kantor Dinas Kebersihan dan Pertamanan saat lalu yang tediri dari; Gedung kantor, Taman, Halaman parkir, Pagar, Gapura, Papan nama dinas, jalan masuk, pos jaga, jaringan link dengan PDAM serta jaringan kelistrikan. dan Kantor UPTD TPA (Tempat Pembuangan/Pengelolaan Akhir) berada di Kec. Pontianak Utara di Kelurahan Batu Layang memiliki luas 26,6 Ha